D'origine marine, le sel provient des mers du secondaire ( TRIAS entre 225 et 180 millions d'année ) qui se sont peu à peu retirées en laissant place à des zones arides. Si les océans s'asséchaient, le sel contenu dans ces derniers pourrait couvrir la terre sur une épaisseur de 360 métres. La principale réserve de sel est donc constituée par les mers et les océans. Il y a entre 28 et 40g de sel par litre d'eau de mer. Dans les zones au climat sec, les mers sont devenues lagunaires, et lorsqu'elles se sont évaporées il y a 200 millions d'années, elles ont laissé des gîtes salifères (sel marin fossilisé qu'on appelle aussi sel de gemme). C'est ainsi que le sel est arrivé dans les sols francs-comtois. Quelquefois, l'eau de pluie a dissout le sel contenu dans la terre et ce sel s'est concentré dans des mares salées.

Certains sols en bord de mer sont très salés, car la mer les recouvres aux grandes marées.Ce phénomène est fréquent par exemple en Baie du Mont-Saint-Michel, on parle de prés salés.